交通运输航行实验教学示范中心为满足实验教学需要，做出了巨大投入，建设、更新了一批交通运输专业相关实验室，目前共有实验实训场地26个，使用面积6200m²，各类实验教学仪器5022台/件，仪器设备总资产10742万元。其中空中交通管制方向的实验设备主要涉及机场管制模拟机、雷达管制模拟机、程序管制模拟机、塔台管制模拟机等，是目前国内民航训练项目和内容最多的实验教学中心之一，其中11个实验室可进行交通运输专业实验，实验项目51项；交通运输专业签派方向的实验室可为学生提供良好的实践学习环境，包括航空运行控制实验室、航空运行控制实验室，承担交通运输专业的专业课与选修课的实验，必开实验项目27项；航空情报方向的实验室可为交通运输专业情报方向的学生提供了良好的实践学习环境，包括航空情报实验室、飞行程序设计、航行情报实践应用、航空地图实践实验室，承担交通运输专业的专业课与选修课的实验，可开展实验项目20项。导航工程专业的等实验室可为导航工程学生提供良好的实验实训学习环境，包括通信导航监视实验室、通信导航监视实训实验室、飞行程序设计实验室等实验室，可开展导航工程专业基础、专业实验和综合性课程设计等30项实验项目。

交通运输航行实验中心依据教育部《高等学校实验室工作规程》《高等学校仪器设备管理办法》等相关文件，建立健全了实验室安全监管责任体系和长效工作机制，制订完善了一系列的实验室管理规章制度，具体包括《中国民用航空飞行学院实验室安全管理规定(试行)》《中国民航飞行学院仪器设备管理办法》《中国民用航空飞行学院仪器设备损坏丢失赔偿管理办法》《中国民用航空飞行学院仪器设备验收管理办法》等文件，统一规划实验室建设、规范实验教学、统筹调配实验仪器、有效利用实验经费，推进实验室的规范化管理。示范中心配备了中心主任、航行实验中心主任、副主任、教学科研办公室主任、各实验室管理员等多名管理人员，形成了学院-系/中心-实验室三级管理机构,明确各层级间的责任范围与目标，制定高效沟通与协作机制，建立各层级发展目标和绩效指标，定期评估管理成效，不断提升管理水平和工作效能，推动中心高质量发展。